Questo elemento solitamente presente in buone quantità nel terreno è però spesso legato strettamente alla parte solida del terreno, rendendo la frazione disponibile per le piante assai limitata. Il manganese è essenzialmente un catalizzatore. Entra nel ciclo di sintesi di enzimi legati alla produzione di clorofilla e nelle molecole utili per la fotosintesi. Inoltre è un costituente di molti amminoacidi e conferisce una maggiore resistenza alle piante alle infezioni (è parte delle reazioni naturali di difesa della pianta).

Le principali cause di carenza sono la presenza di elementi antagonisti (Ca, Fe, Zn, Cu), l’indisponibilità a causa di pH alcalini o l’abuso di chelati di ferro che rendono indisponibile l’elemento.

Il manganese è un elemento poco mobile. La sua carenza si manifesta con una clorosi internervale sulle foglie giovani che parte dall’alto e lentamente si sposta verso il basso coinvolgendo in un secondo momento anche le foglie più vecchie. La clorosi non è uniforme, ma si evidenzia con maculature e screziature.

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